ABSTRACT The most important viruses infecting potato in Colombia are PVY, PLRV, PVS, PYVV, PVV, PVX, PMTV, and PVB. Unfortunately, recent investigations on the health status of uncertified and certified seed-tubers of Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro and Solanum phureja cv. Criolla Colombia used by farmers in eastern Antioquia (Colombia) have revealed alarming levels of infection by these viruses in all types of seeds distributed in the region. A similar study on northern Antioquia, testing all these eight viruses has not been performed. To close this gap, we present a complementary study on the prevalence of viruses in seed-tubers distributed and commercialized in this region using a combination of RT-qPCR and high-throughput sequencing. Our results further confirm the poor quality of seed-tubers used in Colombia and suggests infection by tobacco necrosis virus D (TNV-D), which is the first report for this virus in Colombia.

Resumo No ensino de matemática, os estudos mostram dificuldades e desafios no ensino-aprendizagem da trigonometria no ensino médio e superior, onde o aluno não é incentivado a obter uma profunda compreensão conceitual dos conceitos. Considerando a sua relevância para várias disciplinas, é necessário implementar novas abordagens ao seu ensino, onde é privilegiado um papel ativo do aluno em sua própria aprendizagem. Vários estudos mostram que a incorporação de tecnologias digitais influencia positivamente a aprendizagem dos alunos, no entanto, a maioria das tecnologias existentes responde ao paradigma da interação tradicional com um computador, onde o uso do corpo e dos múltiplos sentidos não é considerado. As interfaces tangíveis (UIS), por outro lado, podem abrigar interações corporais, fornecendo um tributo direto à teoria da cognição corporal. No entanto, existe uma lacuna na aplicação da TUI para o ensino de trigonometria. Esta pesquisa consistiu em projetar e validar uma interface tangível para o ensino-aprendizagem da trigonometria inicial. A interface abriga uma experiência de aprendizado que privilegia a exploração, o uso da intuição e promove o aprendizado colaborativo. Foi realizado um pré-teste de diagnóstico com 119 alunos para determinar o conhecimento prévio, com um rendimento médio de 29,1%. Após duas intervenções com a interface proposta, os resultados de um pós-teste mostram um aumento de 37,1% no desempenho, o que valida a eficácia pedagógica da interface e a experiência pedagógica na aprendizagem de conceitos básicos de trigonometria.

Abstract In mathematics education, studies reveal difficulties in the teaching-learning of trigonometry in secondary and higher education, where students are not encouraged to achieve a deep conceptual understanding of the associated concepts. Considering the importance of trigonometry for multiple disciplines, it becomes necessary to implement new approaches that foster students to take an active role in their own learning. Several studies demonstrate that incorporating digital technologies have a positive impact on students’ learning. However, most of the existing technologies do not consider the use of the body and multiple senses. Tangible User Interfaces (TUIs) in contrast, can host bodily interactions that apply principles of the Embodied Cognition Theory. Nonetheless, there is a lack of applications of TUIs for trigonometry education. This study consisted in designing and validating a tangible interface for the teaching-learning of basic concepts of trigonometry. The interface hosts a pedagogical experience that privileges exploration, the use of intuition, and fosters collaborative learning. A Pre-Test was applied to 119 students to determine previous knowledge, yielding a 29.1% performance. After two interventions with the interface, the results of a Post-Test reveal an increase of 37.1%, confirming the educational effectiveness of the interface and the pedagogical experience to facilitate learning of basic concepts of trigonometry.

Resumen En educación matemática, estudios evidencian dificultades y desafíos en la enseñanza-aprendizaje de trigonometría en educación secundaria y superior, donde no se estimula al estudiante a obtener un entendimiento conceptual profundo de los conceptos. Considerando su relevancia para diversas disciplinas, es necesario implementar nuevos acercamientos a su enseñanza, donde se privilegie un rol activo del estudiante en su propio aprendizaje. Diversos estudios demuestran que la incorporación de tecnologías digitales influyen positivamente aprendizaje de los alumnos, sin embargo, la mayoría de las tecnologías existentes responden al paradigma de interacción tradicional con un computador, donde no se considera el uso del cuerpo y de los múltiples sentidos. Las Interfaces Tangibles (TUI) en cambio, pueden albergar interacciones corporales, brindando directo tributo a la teoría de la Cognición Corporal. Sin embargo existe un vacío en la aplicación de TUI para la educación de trigonometría. Esta investigación consistió en diseñar y validar una interfaz tangible para la enseñanza-aprendizaje de trigonometría inicial. La interfaz alberga una experiencia de aprendizaje que privilegia la exploración, el uso de la intuición, y fomenta el aprendizaje colaborativo. Se realizó un Pre-Test diagnóstico con 119 estudiantes para determinar conocimientos previos dando un rendimiento promedio de 29.1%. Luego de dos intervenciones con la interfaz propuesta, los resultados de un Post-Test muestran un incremento del rendimiento en un 37.1%, lo que valida la efectividad pedagógica de la interfaz y experiencia pedagógica para el aprendizaje de conceptos básicos de trigonometría.

RESUMEN El lulo es uno de los renglones agrícolas más promisorios para la región andina de Colombia, gracias a sus excelentes características organolépticas y a su potencial para el procesamiento industrial. En Antioquia, se ha observado en los últimos años la presencia de plantas con síntomas de enfermedades virales, que incluyen amarillamientos intervenales, mosaicos y deformación de brotes. En este trabajo, se evaluó dicha situación en un grupo (bulk) de muestras foliares de plantas sintomáticas de lulo obtenidas en municipios del Oriente Antioqueño, utilizando la metodología molecular de secuenciación de nueva generación (NGS), y la confirmación posterior por RT-PCR. Los análisis bioinformáticos de las secuencias obtenidas (10.777.822 de reads) indicaron la presencia de tres virus de RNA en el transcriptoma evaluado; el Cucumber mosaic virus (CMV) se encontró en mayores niveles de infección (40,4% del total de reads), mientras que los otros virus correspondieron al Potato yellow vein virus (PYVV) (0,09%) y Alstroemeria necrotic streak virus (ANSV) (0,06%), siendo posible obtener sus genomas completos. La ocurrencia de los tres virus fue confirmada en plantas individuales de lulo mediante pruebas de RT-PCR/secuenciación Sanger con cebadores específicos diseñados a partir de los datos de NGS (ANSV y CMV), o con cebadores reportados previamente (PYVV). En el futuro será necesario evaluar los efectos de estos virus sobre los rendimientos, longevidad de plantas y calidad de semilla en los cultivos de lulo en el país, así como sus métodos de transmisión, rango de hospedantes y sintomatología específica.

ABSTRACT Lulo is one the most promising crops in the Andean region of Colombia because of its unique organoleptic properties and potential for industrial processing. In Antioquia, there has been a marked increase of lulo plants exhibiting typical symptoms of viral diseases, such as interveinal yellowing, mosaics and sprout deformation. In this research, we studied the presence of viruses infecting lulo in bulked leaf samples from Eastern Antioquia. Viruses were detected using Next-generation sequencing (NGS), with confirmation by RT-PCR. The NGS resulted in a total of 10'777,822 paired-end reads, of which 40.4% corresponded to Cucumber mosaic virus (CMV), 0.09% to Potato yellow vein virus (PYVV) and 0.06% to Alstroemeria necrotic streak virus (ANSV). Complete genome sequences were obtained for each of these viruses. RT-PCR primers for CMV and ANSV detection were designed using the assembled genomes reported in this study. Future research should investigate the effect of these viruses on crop yield, plant longevity and seed quality as well as their means of transmission, host range and specific symptoms.

Resumen Dado el incremento en la demanda internacional por frutas con características funcionales, la uchuva (Physalis peruviana) ha sido uno de los cultivos con mayor expansión en los últimos años en Colombia y otros países suraméricanos. Desafortunadamente, la emergencia de enfermedades micóticas y virales ha reducido dichos planes de siembra, especialmente en el departamento de Antioquia. En este trabajo, se realizó un análisis de secuenciación de nueva generación del viroma asociado a tejidos foliares de plantas de uchuva del oriente antioqueño, con síntomas de mosaicos, deformación de brotes y verdeamiento de venas. Los genomas completos de los virus Y (PVY) y V (PVV) de la papa fueron obtenidos a partir de las secuencias ensambladas. La presencia de ambos virus fue confirmada en dos cultivos comerciales de uchuva, utilizando RT-PCR en tiempo real y secuenciación Sanger de una porción del gen de la cápside. Los análisis filogenéticos de dichas secuencias revelaron la existencia de altos niveles de similitud entre los aislamientos de PVY y PVV obtenidos en uchuva y cepas previamente identificadas para esta misma región geográfica en cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) y tomate (Solanum lycopersicum). Este estudio sugiere que las plantas de uchuva pueden servir como hospedantes alternos de virus de importancia económica en cultivos de solanáceas de la region andina de Suramérica.

Abstract Due to the increase of the international demand for functional fruits, cape gooseberry (Physalisperuviana) has become one of the crops of highest expansion in Colombia and the Andean region of South America. unfortunately, the emergence of fungal and unidentified viral diseases has slowed down the cultivation of cape gooseberry in Colombia and, particularly, in the department of Antioquia. In this work, a next-generation sequencing virome analysis of cape gooseberry plants from eastern Antioquia was performed, using leaves exhibiting symptoms such as mosaics, leaf deformation and greening of veins. The complete genomes of potato virus Y (PVY) and potato virus V (PVV) were obtained in the assembled data. The presence of both viruses was confirmed in the samples obtained at two commercial cape gooseberry fields by real time RT-PCR (RT-qPCR) and partial Sanger sequencing of the coat protein (CP). Sequence analysis revealed significant sequence similarity between PVY and PVV isolates infecting P. peruviana to previously identified strains infecting potato (Solanum tuberosum and S. phureja) and tomato (Solanum lycopersicum) in the same geographical region. This study suggests that cape gooseberry could be an alternate host to viruses of other economically important solanaceous crops in the andean region of South America.

In order to evaluate the resistance to Spongospora subterranea f. sp. subterranea on 105 genotypes of Solanum phureja (local name in Colombia papa criolla), bioassays were conducted through propagation by lateral stem cuttings. Inoculation was performed with a 1 x 10(6) sporeballs mL-1 solution. The level of resistance or susceptibility of each genotype to the pathogen was determined at three different times: 1) At 15 days after inoculation (DAI), the presence of zoosporangia was evaluated in roots under optical microscopy; 2) At flowering, the presence of galls was observed in roots and 3) At harvest, the tubers were screened for the detection of pustules. Asymptomatic plants, (i.e. plants seemingly without pathogen´s structures or disease symptoms) were evaluated by PCR using specific primers. At 15 DAI it was not possible to determine the degree of resistance in the genotypes and later there were no disease symptoms on tubers. Nevertheless, disease was detectable through gall formation on roots at the flowering stage. The most susceptible genotype was Criolla Colombia. Thirty genotypes, including the commercial variety Criolla Paisa, were highly resistant and presented neither pathogen´s structures nor symptoms.

Se realizaron bioensayos con 105 genotipos de Solanum phureja (papa criolla) para evaluar la resistencia a la sarna polvosa causada por Spongospora subterranea f. sp. subterranea. Estos fueron propagados por esquejes de tallo lateral. La inoculación se realizó con una solución a una concentración de 1x10(6) quistosoros mL-1. Se determinó el grado de resistencia o susceptibilidad de cada genotipo al patógeno en tres momentos diferentes: 1) después de 15 días de la inoculación se evaluó en el microscopio la presencia de zoosporangios en raíces; 2) en estado de floración, se observó la presencia de agallas de raíces; y 3) en la cosecha se evaluaron los tubérculos, observando la presencia de pústulas. Las plantas asintomáticas, aquellas donde no se observaron estructuras del patógeno o síntomas de la enfermedad, fueron evaluadas mediante la técnica de PCR con primers específicos. Los resultados mostraron que a los 15 días no fue posible discriminar el grado de resistencia de los genotipos. Igualmente no hubo presencia de síntomas de la enfermedad en los tubérculos, sin embargo sí se observaron síntomas de agallas en raíces en la evaluación en estado de floración. El genotipo más susceptible fue Criolla Colombia y 30 genotipos presentaron una alta resistencia sin presentar síntomas de la enfermedad o signos del patógeno, dentro de los cuales se incluye la variedad Criolla Paisa.

El cultivo de papa en Colombia es afectado por diversos virus, que incluyen PVY, PLRV, PVX, PMTV y PVS; aunque se han realizado pocos estudios sobre la biología, distribución y patogenicidad de dichos virus en Colombia, siendo especialmente escasa la información referente al PVS. En este trabajo se evaluó mediante pruebas de ELISA, la presencia del PVS en cuatro departamentos de Colombia, así como sus niveles de variación, a partir de la secuenciación de una porción del gen de la cápside viral. Los resultados indicaron una detección promedio del virus en el 40% de las 320 muestras analizadas, con zonas como el Oriente cercano de Antioquia (49%) y Pasto (Nariño) (47%), donde se detectó en mayor proporción el virus. Los análisis de variación molecular indicaron la presencia de las dos razas de PVS (Ordinaria y Andina) en Colombia, siendo los aislamientos de PVS A los más diversos, al pre- sentar un rango de identidad del 88 al 99%. Estos hallazgos indican que es imperativo el fortalecimiento de los programas de certificación de semilla y vigilancia cuarentenaria en el país, especialmente para virus como el PVS, que aunque puede ser asintomático, causa pérdidas hasta del 20% en cultivos de papa.

In Colombia, potato crops are affected by a wide variety of viruses such as PVY, PLRV, PVX, PMTV and PVS. Unfortunately, there are very few studies on the biology, distribution and pathogenicity of these viruses; this situation is even worse for the latent virus PVS. In this work, we evaluated the presence of PVS in four Colombian provinces (Antioquia, Boyacá, Cundinamarca, Nariño) by the use of ELISA. We also studied the degree of molecular variation by sequence comparison of a segment of the gene encoding for the viral coat protein. In average, PVS was detected in 40% of 320 analyzed samples of potato leaves; the highest levels were observed in the East of Antioquia (49%) and Pasto (Nariño) (47%), while in the other regions ranged between 35% and 42%. Analysis of sequence revealed the presence of two PVS strains in Colombia: three isolates were associated to PVS O (Ordinary) and twelve belonged to PVS A (Andean). A high diversity was observed among PVS A strains with percent identities in the range of 88-99%. These findings highlight the importance of strengthening seed certification programs and quarantine measures in Colombia for viruses like PVS, which can cause losses of up to 20% in potato crops and even higher in mixed virus infection.

Los problemas virales reducen los rendimientos y la calidad del tubérculo semilla en cultivos de papa de todo el mundo. Esta investigación se planteó con el fin de evaluar los niveles de incidencia de potyvirus en diez de las principales regiones cultivadoras de papa de los departamentos de Antioquia, Boyacá, Cundinamarca y Nariño (Colombia), y las características genotípicas del virus Y de la papa (Potato virus Y, PVY), seleccionado por ser el potyvirus más limitante de este cultivo. Para la evaluación de la incidencia se utilizaron pruebas de Elisa con anticuerpos que reconocen epítopes comunes a los potyvirus, mientras que las pruebas moleculares incluyeron el análisis filogenético de secuencias parciales del gen de la cápside viral de 33 aislamientos, así como la secuenciación de una porción de los extremos 5´ y 3´del genoma de dos cepas colombianas de este virus. Los resultados confirmaron la presencia de potyvirus en los cultivos de los cuatro departamentos evaluados, con una incidencia promedio del 72%, siendo este nivel superior al 56% en todas las zonas evaluadas. Los análisis moleculares del PVY, permitieron asociar las cepas colombianas estudiadas con las razas PVY N y la variante PVY NTN, esta última responsable de la enfermedad conocida en el mundo como PTNRD (Potato tuber necrotic ringspot disease).

Potato viruses are responsible for significant reductions in seed quality and crop yields around the world. In this study, we evaluate the levels of incidence of potyvirus in ten potato growing regions of Colombia from the provinces of Antioquia, Boyacá, Cundinamarca and Nariño. As PVY is the most limiting potyvirus in potato farming, a molecular characterization of Colombian PVY strains was also performed. Incidence was evaluated by ELISA using general potyvirus antibodies. Phylogenetic analysis were made on the partial sequence of the capsid gene from 33 isolates. A portion of the 5´ and 3' genome ends was obtained from two Colombian strains. Results confirmed the presence of potyvirus in the four provinces with an average incidence of 72%. The lowest incidence value was 56%. Molecular analysis clustered all Colombian isolates with strains PVYN and PVY NTN, the latter responsible for the disease known as PTNRD (Potato tuber necrotic ringspot disease).

Tomate de árvore (Solanum betaceum) é uma das principais fruteiras da região dos Andes da Colômbia. No entanto, devido à expansão de doenças virais, a área cultivada diminuiu-se rapidamente nos últimos anos. Neste trabalho, nós relatamos a identificação taxonômica de alguns dos vírus presentes nas principais regiões produtoras tomate de árvore na Colômbia. A presença de AMV, CMV, PLRV, Potyvirus, ToMV, TSWV e ToRSV foi avaliada pelo ELISA, nos estados de Antioquia, Boyacá, Cundinamarca, Nariño e Putumayo. Estes resultados foram complementados com RT-PCR e seqüenciamento do DNA das regiões correspondentes ao gene da proteína capsidial. Potyvirus, CMV e PLRV foram os vírus mais prevalentes, tendo sido cada um deles detectado em pelo menos uma amostra. Resultados do seqüenciamento mostram altos níveis de identidade dos isolado de PVY e PLRV obtidos de S. betaceum com isolados do vírus da batata, sugerindo a possibilidade de infecção cruzada. Os resultados confirmam a proposta de um complexo de vírus como responsável pela redução na produção do tomate de árvore na Colômbia.

Tamarillo is one of the main fruit crops in the Andean region of Colombia. However, due to expansion of viral diseases, the cultivated area has undergone a rapid decline during recent years. In this work, we report the taxonomical identity of some of the viruses present in the main tamarillo producing regions in Colombia. The presence of AMV, CMV, PLRV, Potyvirus, ToMV, ToRSV and TSWV was evaluated by ELISA in the provinces of Antioquia, Boyacá, Cundinamarca, Nariño and Putumayo. These results were complemented with RT-PCR and cDNA sequencing of the corresponding coat regions. Potyvirus, CMV and PLRV are the most predominant viruses, each virus being detected in at least one sample. Sequencing results revealed high levels of identity of PVY and PLRV from tamarillo with virus strains from potato crops, suggesting the possibility of cross infection. Our findings confirm that a virus complex is responsible for the decline of tamarillo productivity in Colombia.

A diferencia de lo que ocurre con diversos virus icosahédricos, la estructura a alta resolución de la cápside de los virus flexuosos de plantas pertenecientes a la familia Potyviviridae no ha podido ser determinada aún. Los potyvirus son un grupo de gran importancia económica en la agricultura al afectar cultivos como papa, tomate, tabaco, papaya y caña de azúcar, entre muchos otros; por lo cual la comprensión de su estructura puede arrojar información valiosa para lograr un conocimiento más detallado de sus mecanismos biológicos, con miras al diseño de estrategias de control. En este trabajo se presenta un modelo de la estructura tridimensional de la región central de la proteína de la cápside del virus A de la papa (PVA), utilizando una combinación de herramientas de predicción de estructura secundaria y docking. El modelo presentado tiene dimensiones compatibles con la estructura de baja resolución obtenida en otros estudios mediante microscopía electrónica y será de gran utilidad en el diseño de experimentos de mutagénesis dirigida, enfocados en el estudio del ensamblaje de la partícula viral y como base para modelar la estructura de otras especies potyvirales de importancia actual en Colombia como el virus Y de la papa (PVY), virus de la malformación de las hojas del tomate de árbol (TaLMV) y el virus de la mancha anular de la papaya (PRSV).

In contrast to icosahedric viruses, a high-resolution structure of flexuous viruses of plants belonging to the family Potyviridae has yet to be obtained. Potyviruses are economically important in agriculture due to their ability to infect crops such as potato, tomato, tobacco, papaya, and sugar cane, among many others; thus an understanding of its three-dimensional structure might provide valuable insight into biological mechanisms, with the aim of designing control strategies. In this study, we present a model for the three-dimensional structure of the core region of Potato virus A (PVA), using a combination tool to predict the secondary structure and docking. The model presented has dimensions compatible with the low resolution structure in other studies using electron microscopy and will be highly useful in the design of experiments of directed mutagenesis aimed at understanding potyvirus assembly and as a basis for modelling the structure of other important related virus species of importance in Colombia, such as Potato virus Y (PVY), Tamarillo leaf malformation virus (TaLMV), and Papaya ringspot virus (PRSV).

Recientemente se detectó en Colombia la presencia del virus mop-top de la papa (PMTV, Pomovirus), transmitido por zoosporas del protozoo Spongospora subterranea f. sp. subterranea, agente causal de la sarna polvosa de la papa. Esta investigación se planteó con el fin de evaluar las características genotípicas de las cepas virales del PMTV obtenidas a partir de 20 muestras de suelos de cultivos de papa de los departamentos de Antioquia, Boyacá, Cundinamarca y Nariño. Para esto, se amplificaron mediante RT-PCR las regiones parciales que codifican para los genes de la cápside (CP) y del segundo gen del triple bloque de genes (TGB2), secuenciándose y comparándose con las secuencias de este virus depositadas en las bases de datos moleculares. Adicionalmente, se seleccionaron dos cepas del virus para aumentar el cubrimiento de las secuencias de los segmentos dos y tres (ARN 2 y ARN 3) del genoma viral. Los resultados reconfirmaron la presencia del virus PMTV en Colombia, detectándose dos variantes principales (I y II), una de ellas correspondiente al genotipo distribuido mundialmente (I); mientras que la otra variante (II) representa aislamientos virales de PMTV no registrados hasta ahora en otros países del mundo. Se espera que la información generada en esta investigación sea considerada en los programas de certificación de tubérculo semilla y del manejo cuarentenario de patógenos del cultivo de papa en el país.

Potato mop-top virus (PMTV, Pomovirus) was detected recently in Colombia. PMTV is transmitted by zoopores of the protozoan Spongospora subterranean f. sp. subterranea, the causal agent of powdery scab in potato. The goal of this study was to assess the genotypic characteristics of viral strains of PMTV obtained from 20 soil samples of potato crops in the departments of Antioquia, Boyacá, Cundinamarca, and Nariño. To do so, partial regions of the capsid gene (CP) and the second gen of the Triple Gene Block (TGB2) were amplified using RT-PCR. Amplicons were sequenced and compared with PMTV sequences deposited in molecular databases. In addition, we selected two strains of the virus to increase the coverage of sequencing in segments two and three (RNA 2 and RNA 3) of the viral genome. Our results reconfirmed the presence of PMTV in Colombia, with detection of two variants (I and II). One of them corresponds to the major genotype of PMTV reported worldwide (I); the second variant (II) corresponds to a PMTV strain not detected previously in other countries. We hope that this information will be useful to certification programs of eed tubers and plant quarantine management of potato pathogens in Colombia.

La virosis del tomate de árbol es uno de los problemas más limitantes de este cultivo en Colombia. Esta investigación evaluó como posible fuente de inóculo la semilla de frutos colectados en campo, así como en material de vivero de Antioquia, Cundinamarca, Nariño y Putumayo y en plántulas germinadas bajo condiciones de invernadero. Estas evaluaciones se realizaron mediante pruebas de ELISA y estuvieron complementadas con la secuenciación del gen de la cápside de los virus detectados más frecuentemente. Para la semilla de frutos colectados en campo se observó una alta incidencia de potyvirus (16%), PLRV (26%) y la presencia en al menos una muestra de los virus AMV, CMV y ToMV. No se encontraron los virus TSWV y ToRSV. La detección en plántulas de vivero indicó la presencia de PLRV (24%), potyvirus (35%), ToRSV (22%) y CMV (0,6%) en las muestras analizadas. En las plántulas obtenidas en los ensayos de invernadero, nuevamente se detectaron PLRV y potyvirus. Estos resultados plantean la posibilidad de considerar la transmisión por semilla de virus en este cultivo y representan el primer reporte mundial de transmisión por semilla de PLRV.

The Tamarillo virus disease is one of the most limiting problems of this crop in Colombia. In this research we evaluated, as a source of inoculum, seeds from fruits collected in the field, as well as nursery stocks from Antioquia, Cundinamarca, Nariño and Putumayo, and seedlings germinated under greenhouse conditions. These assessments were made by ELISA and complemented by sequencing the capsid gene of the most frequently detected virus. Seeds from fruits show the presence of AMV, CMV, potyvirus, PLRV and ToMV in at least one sample, but not TSWV and ToRSV. PLRV (26%) and potyviruses (16%) were most frequently associated with this material. The identification in nursery seedlings indicated the presence of potyviruses (35%), PLRV (24%), ToRSV (22%) and CMV (0.6%) in the analyzed samples. In the plantlets from the greenhouse trials, PLRV and potyviruses were detected again. These findings raise the possibility to consider seed transmission of virus in this crop and represent the first report of seed transmission of PLRV in the world.

A virose do tomate de árvore é um dos problemas mais importantes desta cultura na Colômbia. Nesta pesquisa avallou-se côo possível fonte de inóculo de sementes obtidas de frutos no campo, ao igual que mudas obtidas em viveiros de Antioquia, Cundinamarca, Nariño e Putumayo, e finalmente mudas obtidas em casa de vegetação, utilização de provas ELISA. Além destas avaliações obtive-se o seqüenciamento do gen da capa dos vírus mais freqüentes. Para a semente de frutos coletados no campo observou-se uma alta incidência dos potyvirus (16%) e PLRV (26%), a presença em pelo menos uma amostra dos vírus AMV, CMV e ToMV, e não encontraram-se os vírus TSWV y ToRSV. Nas mudas obtidas em viveiros as incidências foram de PLRV (24%), potyvirus (35%), ToRSV (22%) e CMV (0,6%). Nas plantas obtidas em casa de vegetação, encontraram-se novamente os vírus PLRV e potyvirus. Estes resultados mostram que é possível eu os vírus possam ser transmitidos pela semente e é o primeiro artigo no mundo que mostra a transmissão de PLRV pela semente.

Los hongos roya (Uredinales, Basidiomycetes) representan uno de los grupos de fitoparásitos más diversos y con mayor importancia económica agrícola mundial. Su taxonomía se ha basado en el estudio de caracteres morfológicos, que resulta en muchos casos en la formación de taxones polifiléticos. Sin embargo, en los últimos años se han tratado de incorporar herramientas moleculares que conduzcan a la generación de sistemas de clasificación basados en afinidades evolutivas. Este trabajo pretendió aumentar la base del conocimiento sobre la uredobiota tropical, mediante el estudio de características morfológicas y filogenéticas de un grupo de royas de los Andes de Colombia. Para esto se secuenció parte de la región 28S del ADNr y se realizó un análisis de agrupamiento mediante Máxima parsimonia. Los resultados confirmaron la validez de las familias Pucciniaceae, Phakopsoraceae, Phragmidiaceae, Pileolariaceae, Mikronegeriaceae, Coleosporiaceae y Cronartiaceae, mientras que Pucciniosiraceae es un taxón redundante con Pucciniaceae. Por su parte, Uropyxidaceae, Raveneliaceae, Chaconiaceae y Pucciniastraceae se muestran como familias polifiléticas. Aparentemente Melampsoraceae se presenta como un taxón basal al grupo. La información que se deriva de este estudio se espera sea incorporada en los estudios mundiales que buscan redefinir el sistema taxonómico de los hongos roya.

Phylogenetic analysis of rust fungi (Uredinales) from the Colombian Andean region using 28S ribosomal DNA sequences. Rust fungi (Uredinales, Basidiomycetes) are one of the most diverse and economically important plant-obligated parasites. Taxonomy of this group has been under revision during the last years using molecular techniques to define phylogenetic relationships. In this study we evaluated the phylogenetic affinities of a group of 40 rust fungi obtained from different plants in the Colombian Andean region using sequence analysis of the 28S ribosomal DNA, specifically D1/D2 domains. Comparisons were undertaken with sequences of rust fungi from around the world deposited in the GenBank database. An alignment of sequences was used to build a phylogenetic tree through Maximum parsimony analysis. Our results support the taxonomical validity of families Pucciniaceae, Phakopsoraceae, Phragmidiaceae, Pileolariaceae, Mikronegeriaceae, Coleosporiaceae and Cronartiaceae, while Pucciniosiraceae represents redundant taxa with Pucciniaceae. The analyses indicated that Uropyxidaceae, Raveneliaceae, Chaconiaceae and Pucciniastraceae correspond to poly-phyletic families. Melampsoraceae appear to be a basal taxon to the Uredinales. Information obtained in this study will be useful to incorporate a higher number of sequences from tropical rust fungi within global efforts to redefine the taxonomy of order Uredinales. Additionally, we propose to give priority to future phylogenetic studies of taxa: Gerwasia, Hemileia, Phragmidium, Prospodium, Puccinia and Uromyces, genera that include a high number of rust fungi from the tropics. Rev. Biol. Trop. 59 (2): 517-540. Epub 2011 June 01.

Potato late blight (Phytophthora infestans), is this crop's most important disease in Colombia. An alternative in reducing the high dependence on fungicides to control the potato late blight includes developing resistant plant varieties, such as the ones recently delivered in Colombia (Pastusa Suprema and Esmeralda), which show high acceptance levels among growers. However, maintenance of resistance in these materials, as well as the effectiveness of systemic fungicides used to control this disease depends on management practices and evolutionary dynamics of P. infestans in each of the potato-growing regions. This research evaluated such a condition through a population structure study of isolates obtained from the departments of Antioquia, Boyaca, Cundinamarca, and Norte de Santander, using AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) molecular markers. Results indicated the occurrence of low levels of genetic variability within each of the four populations and an important population differentiation among them, especially regarding the population of P. infestans from Antioquia against the middle-east populations. This suggests that besides the tests usually made in Cundinamarca and Boyaca to evaluate resistant materials for P. infestans, different tests in Antioquia should also be included.

La enfermedad del moko de las musáceas, causada por la bacteria Ralstonia solanacearum, es uno de los problemas fitopatológicos más importantes de la agroindustria del banano en los países tropicales. En Urabá y el Magdalena (Colombia), las principales regiones exportadoras de banano en Colombia, esta enfermedad provoca una destrucción estimada en 16.5ha/año. La bacteria presenta un nivel extremadamente alto de variación genética que afecta las medidas de control. Este es el primer estudio de su variación en Colombia y se hizo con los marcadores moleculares AFLP en una población de 100 aislamientos de plantas de banano, suelos y arvenses. El alto nivel de diversidad genética, con índices de Nei y de Shannon de h=0,32 y I=0,48, respectivamente, y la AMOVA, demostró que esta población es subestructurada (Fst=0,66): el hospedero es el principal factor de diferenciación. Aun así, las pruebas anteriores mostraron que todas las variedades presentan patogenicidad en Musa.

Genetic variability of the bacterium Ralstonia solanacearum (Burkholderiales: Burholderiaceae) in the banana-growing region of Uraba (Colombia). The banana moko disease, caused by the bacterium Ralstonia solanacearum, is one of the most important phytopathological problems of the banana agribusiness in tropical countries. In Uraba and Magdalena (Colombia), the main exporting regions of banana in Colombia, this disease causes a destruction estimated in 16.5ha/year. The bacterium presents an extremely high level of genetic variation that affects control measures. This is the first study of its variation in Colombia and was done with AFLP molecular markers on a population of 100 isolates from banana plants, soils and "weeds". The high level of genetic diversity, with Nei and Shannon indexes of h=0.32 and I=0.48, respectively, and the AMOVA, showed that this population is subestructured (Fst=0.66): the host is the main factor of differentiation. Even so, previous tests show that all varieties have pathogenicity on Musa. Rev. Biol. Trop. 58 (1): 31-44. Epub 2010 March 01.

La enfermedad del moko, causada por Ralstonia solanacearum, es uno de los problemas fitosanitarios más importantes de la agroindustria bananera de Urabá. Esta bacteria se caracteriza por presentar una gran plasticidad genética, lo cual dificulta el diseño de estrategias para su control. Con el fin de determinar los componentes del complejo de especies de R. solanacearum presentes en la región de Urabá, en esta investigación se realizó la caracterización genotípica de una población de R. solanacearum procedente de plantas de banano, arvenses y suelos de diversas plantaciones de esta zona. La evaluación se realizó mediante PCR múltiple y secuenciación de tres regiones del genoma (genes egl, fliC y región 16S del ADNr). Los resultados indican que todas las cepas bacteriales estudiadas están asociadas al filotipo II, y en su mayoría pertenecen al secuevar 4, aunque en el caso de algunos aislamientos no fue posible su filiación con ninguno de los tres secuevares reportados para la raza 2. Dos aislamientos obtenidos del departamento del Magdalena, utilizados con fines comparativos, resultaron estar asociados al secuevar 6. Los resultados de esta investigación plantean importantes aspectos epidemiológicos a ser tenidos en cuenta en el manejo de la enfermedad del moko en las plantaciones de banano del Urabá antioqueño.

Moko disease, caused by Ralstonia solanacearum, is one of the most important phytopathological problems of the banana agribusiness in Uraba (Colombia). This bacterium is featured by having high genetic plasticity, which difficults the design of control strategies. The aim of the present research was to establish the components of the R. solanacearum species complex, through the study of the genotypic features of a series of strains isolated from banana plants, weeds and soils from different plantations in Uraba. The analysis was carried out through multiple PCR and sequencing of three genomic regions (egl and fliC genes, and region 16S of 16S rDNA). The results indicate that all the studied isolates are associated to phylotype II, and most of them belong to sequevar 4. However, in the case of some strains, it was not possible to associate the PCR results with the sequevars that have been reported for race 2. Interestingly, two isolates from the department of Magdalena used as comparative controls for the bacterial population of Uraba, were found to belong to sequevar 6. These results raise important epidemiological aspects of the management of moko disease in the banana growing region of Uraba.